A menudo es la pérdida de las grandes especies de mamíferos lo que nos llama más la atención: quedamos profundamente conmovidos por la desaparición de animales carismáticos como los osos pandas, tigres o elefantes, pero somos menos conscientes de que muchos organismo, menos famosos, están desapareciendo rápidamente.

Hoy en día, las especies y hábitats se están extinguiendo, o desapareciendo, a toda velocidad, pero ¿Por qué? Existen cinco causas principales para la pérdida de la biodiversidad en la Tierra.

La pérdida y la fragmentación del hábitat suele ser un resultado directo de la actividad humana, y una causa importante de la pérdida de especies, poblaciones y ecosistemas: cuando la gente tala los bosques, excava minas, construye ciudades y carreteras, destruyen biomas enteros, o crean obstáculos que fragmentan estos hábitats. Cuando los hábitats se hacen más pequeños, menos alimentos y refugio quedan disponibles, como resultado, las especies que viven en estos hábitats compiten entre sí y con los seres humanos, por los recursos limitados. Dado que sus poblaciones son ya muy pequeñas, tienen menos compañeros con quien reproducirse, lo que disminuye la diversidad y la calidad genética de sus poblaciones. Estos hábitats más pequeños son como islas, aisladas unas de otras, y las especies tienen entonces mayores dificultades para migrar de un lado a otro.

Las especies invasoras pueden alterar ecosistemas enteros, y tienen un inmenso impacto en las poblaciones de plantas y animales nativos. Pueden afectar a las especies nativas mediante su consumo, infectándolos, compitiendo con ellos, o mediante el apareamiento con ellos. Los invasores son, a menudo, especies exóticas (exóticas o no nativas) que han sido introducidas voluntaria o involuntariamente por la actividad humana: semillas que se prenden de la ropa de la gente, ratas que viajan en los buques, especies marinas  que son transportadas por todo el mundo a través del lastre de los buques, y los insectos que pueden ser introducidos con el comercio internacional de alimentos o madera. Se espera que el número de especies introducidas en zonas en las que no son nativas continúe aumentando a medida que el comercio internacional, el transporte y el turismo sigan creciendo.

La contaminación generada por el hombre (por ejemplo, la lluvia ácida, los derrames de petróleo, contaminación por desechos humanos, basura nuclear, pesticidas) pueden afectar a todos los niveles de la diversidad biológica.
La sobreexplotación (caza, pesca o captura excesiva) de una especie o población puede llevar a su desaparición, así como la sobreexplotación de los recursos esenciales para el funcionamiento de los ecosistemas, como el agua y el suelo. Muchos de los recursos naturales del mundo son utilizados por el hombre, más rápido de lo que se pueden sustituir y regenerar a sí mismos. La pesca comercial, como la del bacalao se sobreexplota, eliminando al mismo tiempo a otras especies como delfines y tortugas marinas, que mueren a menudo en las redes de pesca. La gente continúa comprando productos de la vida silvestre para su uso como mascotas, medicamentos, alimentos gourmet y objetos decorativos.

El cambio climático altera las condiciones ambientales. A medida que los seres humanos quemamos combustibles fósiles como el petróleo y el carbón, para obtener energía, más dióxido de carbono entra en la atmósfera. El dióxido de carbono (CO2) actúa como un invernadero, dejando que la luz del sol y el calor entren en la atmósfera inferior, pero sin dejar que el mismo salga. Otros gases, como el metano y el óxido nitroso, liberado a la atmósfera por las actividades humanas, también contribuyen al calentamiento global. Como resultado, las temperaturas anuales promedio de la Tierra han aumentado y lo continúan haciendo. Los cambios en el clima van a modificar los ecosistemas en los que muchas especies (incluyendo los humanos) viven. Muchas de estas especies y poblaciones afectadas pueden perderse si no son capaces de adaptarse a las nuevas condiciones climáticas, algo que propiciamos con la presencia de carreteras, ciudades y otras barreras asociadas a la presencia humana, que pueden dejar a estas especies sin ninguna oportunidad para adaptarse a los cambios distributivos (por ejemplo los parques y reservas naturales son lugares fijos. El clima que caracteriza hoy en día al parque de Yellowstone se desplazará varios cientos de kilómetros hacia el norte, dejando a las especies sin un hábitat donde migrar), mientras que otras especies (como ciertas enfermedades y plagas) puedan florecer y expandir sus áreas de distribución.

El crecimiento demográfico, junto con el consumo actual y los patrones de producción, es un fuerte impulsor de las amenazas mencionadas anteriormente para la biodiversidad. Más de 6 millones de personas viven en la Tierra. Cada vez son más los recursos que se utilizan para producir la comida, agua, medicinas, ropa, abrigo y combustible que utilizamos. Esto deja menos recursos para las especies y los ecosistemas de la Tierra.