La biodiversidad puede ser medida de varias maneras, dependiendo del aspecto en la que esté siendo examinada. Esta la diversidad de funciones (descomposición, ciclos de nutrientes depredación) que los organismos pueden realizar en sus ecosistemas, la diversidad de genes de un organismo en una población, o incluso la diversidad de tipos de biomas en un área en particular. La mayoría de las veces cuando la gente habla acerca de la biodiversidad, sin embargo, se están refiriendo a la cantidad de especies diferentes (o “tipos”) de organismos.

Para aprender más sobre las diferentes especies vea: Lista de animales y Lista de plantas.

Ursus americanus es el nombre de especie para el oso negro americano. La primera parte del nombre es el género, un grupo de especies relacionadas (en este caso los osos), y la segunda parte es la especie dentro del género. En algunos casos, una subespecie también puede ser designada para distinguir a más grupos dentro de una especie, indicada por la adición de un tercer nombre. Ursus americanus tiene varias subespecies, por ejemplo, Ursus americanus californiensis y Ursus americanus altifrontalis; estos nombres de subespecies se refieren a las ubicaciones geográficas en las que pueden encontrarse.

La evolución es un proceso continuo, y nuevas especies se forman continuamente en el tiempo, lo que significa que no existe una manera perfecta y definitiva para la clasificación de los organismos, sin embargo, en conjunto, hay varios “conceptos de especies” que nos proporcionan directrices.

Concepto de especie biológica. Más ampliamente, una especie es un grupo de organismos con una piscina comunitaria. En muchos organismos, la manera de identificar una especie es aplicando el concepto de especie biológica. De acuerdo con esta definición, una especie se compone de todos los organismos que son capaces de aparearse entre sí y producir descendencia fértil. Por ejemplo, los leones producen descendencia con otros leones, y los tigres con otros tigres, si los leones y los tigres se reúnen en cautiverio, en ocasiones, pueden producir un híbrido llamado ligre o tigon, pero estos híbridos no se pueden reproducir. De esto se deduce que los leones y los tigres son especies separadas.

Concepto  de especies morfológicas. Otra manera en que los organismos pueden ser clasificados es sobre la base de su morfología, o características físicas. Esta definición también es a menudo útil: a veces no es posible observar si dos organismos pueden se, por ejemplo, diferentes tipos de ballenas en su hábitat natural), pero el examen de sus características físicas pueden ayudarnos a determinar cuán estrechamente están relacionadas. En general, si son cuidadosamente elegidas, las características morfológicas pueden ser un indicador de organismos que tienen el mismo ancestro común.

Hay varios problemas con este enfoque: los perros domésticos, por ejemplo, pueden ser muy diferentes, pero en realidad son todos una especie capaz de mestizaje, mientras que los lémures ratón, aunque son muy similares entre sí, en realidad son por lo menos 18 especies distintas.

Concepto de especie genética. Para los organismos que no tienen ni reproducción sexual ni muchos rasgos distintivos morfológicos en común, por ejemplo, diferentes especies de bacterias, a menudo se definen como grupos de organismos genéticamente similares (con “similar” algo arbitrariamente definido) usando marcadores genéticos, rasgos que definen las especies en el código de barras del ADN.