La palabra hongo normalmente evoca imágenes de champiñones y setas y, aunque los champiñones son hongos, las formas que puede adoptar un hongo son variadas. Existen más de 100.000 especies de hongos descritas y probablemente más de 200.000 sin describir.

La mayoría de los hongos son terrestres, pero pueden encontrarse en todos los hábitats en todo el mundo, incluidos los marinos y de agua dulce. Los hongos son eucariotas no móviles, filamentosos que carecen de plastidios y pigmentos fotosintéticos. La mayoría de los hongos son saprófitos, que obtienen los nutrientes de la materia orgánica muerta. Otros hongos descomponedores sobreviven como parásitos, absorbiendo su alimento, en solución, a través de sus paredes celulares.

La mayoría de los hongos viven en el sustrato sobre el que se alimentan. Numerosos hifas penetran en la madera, el queso, el suelo, o la carne en la que están creciendo. Las hifas secretan enzimas digestivas que degradan el sustrato, lo que le permite al hongo absorber los nutrientes contenidos en el sustrato. Existen cuatro grupos principales de hongos: Zygomycota, Ascomycota, Basidiomycota y Deuteromycota.

Zygomycota. El grupo de hongos se encuentra más frecuentemente en los moldes de pan común, aunque existen especies tanto de agua dulce y marinas. La mayoría de ellos descomponen materia vegetal y animal en el sustrato donde viven. Las especies acuáticas se encuentran principalmente en los sedimentos o en las algas, pero algunas especies son de libre flotación. Unos pocos se encuentran unidos a animales acuáticos o a hojas en descomposición. Algunos son parásitos de plantas, insectos o pequeños animales del suelo, mientras que otros causan infecciones graves en los seres humanos y los animales domésticos.La reproducción es asexual, por medio de esporas producidas en esporangios soportados en las hifas. Los zygomycota deben su nombre a la producción de paredes gruesas de estructuras sexuales llamados zygosporangia, que pueden permanecer en estado latente durante largos períodos.

Ascomycota. Este grupo comprende cerca de 30.000 especies descritas, entre ellos la mayoría de los azul-verde, rojo y marrón causan deterioro de los alimentos, incluyendo el moho del pan de color salmón. Son causa de una serie de enfermedades graves de las plantas, como la enfermedad del olmo holandés, pero el grupo también incluye a las colmenillas comestibles y trufas. Este grupo también está compuesto de las levaduras utilizadas en la producción de cerveza, vino y pan.

La reproducción por lo general se produce mediante la formación de esporas especializadas, llamadas conidios, que se soportan en las puntas de las hifas en estructuras especializadas (conidióforos).
Los hongos acuáticos de este grupo se encuentran principalmente en la madera sumergida, pero otros son de libre flotación o se encuentran en los sedimentos y las algas.

Basidiomycota. El grupo de hongos Basidiomycota, también conocido como hongos del club, incluyen algunos de los hongos más habituales. Dentro de este grupo de 16.000 especies esta las setas, champiñones, y bejines. Juegan un papel clave en el medio ambiente como descomponedores de residuos vegetales. Se distinguen de otros hongos por su producción de basidiosporas, producida por una estructura llamada basidio. Este grupo no está bien representado en el medio ambiente acuático. Existen muy pocas especies de agua dulce conocidas y la mayoría de las especies marinas flotan libremente.

Deuteromycota. Los deuteromycotas u hongos conidiales, son un grupo de cerca de 17.000 especies distintas con características reproductivas sexuales desconocidas. Su falta de etapas sexuales fue la base para que se les llamase hongos imperfectos en el pasado. El término hongos imperfectos era engañoso pues estos hongos son abundantes y florecientes. Existen un gran número de usos humanos para estos hongos; los más importante son la producción de antibióticos para uso medicinal (sustancias producidas por el hongo para inhibir el crecimiento de otros organismos vivos alrededor de ellos) en particular, bacterias causantes de enfermedades. Estas sustancias se extraen del hongo y se utilizan para matar bacterias en el cuerpo humano.

Morfología. La mayoría de los hongos son unicelulares o filamentosos: a medida que crecen, los hongos producen una masa entrelazada de delicados hilos que se ramifican libremente y con frecuencia se fusionan. Las formas de hongos varían: los más conocidos tienen forma de paraguas o crecimientos esponjosos. Los hilos individuales y tubulares son llamados hifas, mientras que una masa de hilos se llama micelio. Estructuras como las setas, constan de un gran número de filamentos muy juntos. La relación de superficie-volumen de un hongo es muy alta, lo que garantiza que gran parte de los hongos estén en íntimo contacto con su entorno y a no más de unos pocos micrómetros de distancia.

Los hongos parásitos tienen hifas similares especializadas, conocidas como haustorios, que funcionan en la absorción de nutrientes (a partir de las células de otros organismos), mientras que anclan al hongo. Los hongos son inmóviles y carecen de flagelos o cilios, la dispersión en el ambiente ocurre durante la reproducción.

Reproducción. Un  hongo puede reproducirse sexual o asexualmente. Las estructuras reproductoras de los hongos se llaman gametangios si están directamente involucradas en la producción de gametos, y esporangios si están involucrados en la producción de esporas asexuales. La fase asexual del ciclo de vida se conoce como el anamorfo, mientras que la fase sexual del hongo se conoce como el teleomorfo.

La reproducción sexual implica la unión de dos núcleos de hongos compatibles, seguido por la división meiótica. Las esporas no móviles son los agentes característicos de la reproducción de los hongos y son típicamente secas y pequeñas. Esto les permite permanecer flotando en el aire durante largos períodos de tiempo, aumentando así sus posibilidades de ser llevadas a grandes alturas y distancias por las corrientes de aire. Otras esporas son viscosas y se adhieren a los cuerpos de los artrópodos, como los insectos, para ayudar a su dispersión. Algunas esporas se disparan en un esporangio y pueden recorrer distancias de hasta 2 metros, una distancia enorme teniendo en cuenta que los esporangios son de sólo 80 micrómetros de diámetro.

Importancia. Los hongos, junto con las bacterias, son descomponedores, y sus actividades son necesarias para la supervivencia de la biosfera. La descomposición libera dióxido de carbono a la atmósfera y devuelve los compuestos nitrogenados en el suelo, donde pueden ser eventualmente reciclados por las plantas y los animales. Dado que los hongos son descomponedores, a menudo entran en conflicto con los intereses humanos y son considerados una molestia, y en algunos casos, un peligro destructivo. El hongo puede romper estructuras de madera hechas por el hombre con sus poderosas enzimas, así como muchas otras sustancias (por ejemplo, tela, pintura, cuero, petróleo y cables). El pan, frutas frescas, verduras y la carne son particularmente susceptibles al ataque de hongos, reduciendo su valor nutricional y palatabilidad. Los hongos también pueden producir toxinas tales como la aflatoxina,  altamente cancerígena y afecta gravemente a los seres humanos, incluso cuando se consumen en cantidades diminutas.

Ciertos hongos son útiles, porque producen sustancias tales como el etanol o el dióxido de carbono que juegan un papel clave en la elaboración de la cerveza, levadura, y las industrias de elaboración del vino. Los hongos son también importantes en la producción de muchos tipos de medicamentos. La más importante de éstas son los antibióticos, como la penicilina, que se utiliza para matar las infecciones bacterianas.